Trong quá trình triển khai thực hiện, theo phản ánh của Cục Thuế các địa phương cũng như các cơ quan trả thu nhập, đã phát sinh những vướng mắc khi thực hiện quyết toán thuế TNCN. Ngày 07/5/2010 Tổng cục Thuế đã có tờ trình báo cáo Bộ Tài chính và đã tổng hợp những vướng mắc cần được xử lý theo thẩm quyền của Bộ Tài chính.
Sau khi xem xét, Bộ Tài chính đã phê duyệt và giao cho Tổng cục Thuế hướng dẫn. Thực hiện theo chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế hướng dẫn bổ sung quyết toán thuế TNCN năm 2009 trong Công văn số 1700/TCT -TNCN
Fisopro;